Esta rejeição ocorre quando a SEFAZ verifica que o CNPJ do emitente (a raiz) está diferente da raiz do CNPJ do certificado digital utilizado na assinatura.
Verifique se o CNPJ está informado corretamente no cadastro de empresa licenciada no menu parâmetros.
Verifique se o certificado digital está informado corretamente no cadastro de empresa licenciada - certificado digital no menu parâmetros.
Apos a correção refaça a nota.