Só pode cancelar a NF se cancelar o MDF, após isso é permitido cancelar a NF.

Caso, não for possível mais cancelar o MDF só resta 1 alternativa.. voltar a nota para o status normal código 100 através de um update. E caso o cliente queira acertar seu estoque, terá que fazer uma nota de entrada.

MDF

Aceito nacionalmente, MDF-e é a sigla para Manifesto Eletrônico de Documentos Fiscais. Emitido e armazenado eletronicamente, foi criado para simplificar e vincular os documentos fiscais transportados na unidade de carga utilizada.

A sigla MDF-e significa Manifesto de Documento Fiscal eletrônico e ele foi criado para simplificar a burocracia que existe no sistema de transporte de cargas. ... Todas as empresas que prestam serviços de transporte devem, obrigatoriamente, emitir um MDF-e