Quando o cliente entrar em contato informando que deu entrada em nota fiscal e que o item X esta com o CST e CFOP incorretos, siga os seguintes passos:

Verifique:
- A operação utilizada na nota fiscal;
- O cadastro do produto a ser ajustado e veja se esse produto é Tributado Integralmente ou Tributado com Substituição Tributária;
- Acesse a tributação ICMS e veja se há tributação cadastrada para esse operação

A partir dessas informações coletadas, você conseguira tomar a decisão correta.